Die Verbandsversammlung
Die Verbandsversammlung ist das oberste Entscheidungsgremium des NWL. Sie verbindet Politik und Verwaltung, legt strategische Ziele fest und entscheidet über alle wichtigen Angelegenheiten des Zweckverbands, unter anderem über den Haushalt. Ihre 45 Mitglieder werden aus den Kreisen und kreisfreien Städten über die vier Mitgliedszweckverbände bzw. bei den Kreisen Paderborn und Höxter direkt entsandt. So fließen die regionalen Interessen in alle Entscheidungen ein. Die Verbandsversammlung ist zudem Dienstvorgesetzte des Verbandsvorstehers und oberste Dienstbehörde für die beim NWL beschäftigten Beamtinnen und Beamten. Ihre Beschlüsse sind verbindlich und prägen die Mobilität in Westfalen-Lippe.
Der Ältestenrat
Der Ältestenrat besteht aus 8 Mitgliedern und dient der organisatorischen Abstimmung zwischen Politik und Verwaltung, der Vorbereitung der Sitzungsläufe sowie der Verständigung über grundsätzliche Verfahrensfragen.

Sitzungstermine und Vorlagen
Die NWL-Verbandsversammlung kommt drei Mal jährlich zusammen. Die Sitzungen bestehen aus einem öffentlichen und – bei Bedarf – einem nichtöffentlichen Teil. Aktuelle Sitzungstermine und öffentliche Vorlagen können im Gremieninformationssystem (RIM) eingesehen werden.
Die Ausschüsse: Fachwissen für richtige Entscheidungen
Die Fachausschüsse des NWL bereiten Beschlüsse vor oder entscheiden selbst zu bestimmten Themen. Ihre Aufgaben sind in einer Zuständigkeitsordnung festgelegt. Grundsätzlich werden die Ausschüsse mit Mitgliedern der Verbandsversammlung besetzt.
Haupt- und Finanzausschuss
Der Haupt- und Finanzausschuss berät die Verbandsversammlung zu Haushalt, Finanzen und strategischen Themen.
Vergabeausschuss
Der Vergabeausschuss ist Beschlussgremium für Vergabeverfahren mit einem Auftragswert von über 1 Million Euro brutto. Er begleitet die Verfahren bis zur abschließenden Vergabeentscheidung und achtet auf die Einhaltung aller Vorgaben.
Betriebsausschuss – EBINFA
Der Betriebsausschuss ist zuständig für den Eigenbetrieb Infrastruktur und Fahrzeuge (EBINFA) im NWL-Gebiet. Er organisiert die Finanzierung und Beschaffung von Fahrzeugen, die an vom NWL beauftragte Eisenbahnverkehrsunternehmen verpachtet werden. Zudem übernimmt er die Finanzierung von Infrastrukturprojekten, die von der Verbandsversammlung beschlossen wurden. Der Betriebsausschuss wird von einem Betriebsleiter geführt, der von der NWL-Verbandsversammlung gewählt wird.
